突袭(xí)世界的大灾(zāi)难(nán)“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建(jiàn)14岁的少年碇真嗣被(bèi)父亲碇元渡叫(jiào)到第3新(xīn)东(dōng)京(jīng)市(shì)。本以(yǐ)为能见到父亲迎接的他(tā)，却见到名为“使徒”的巨大生物(wù)与军(jūn)队交火(huǒ)。危急(jí)之下，特务(wù)机关(guān)NERV的葛(gé)成(chéng)美(měi)里将真嗣救下，并(bìng)将其(qí)带(dài)往(wǎng)碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷(kù)地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器(qì)人与使徒战斗(dòu)。　　本已表(biǎo)示拒(jù)绝的真嗣，看到重伤(shāng)的替(tì)补驾驶员绫波(bō)丽(lì)后，决(jué)定遵从父亲的命令。就(jiù)这样，从未受过作(zuò)战训(xùn)练的真嗣，准备(bèi)驾驶EVA初号(hào)机迎战使徒。　　世界的命运(yùn)托付(fù)在了一位(wèi)年仅(jǐn)14岁的少年身上，而“第二次冲击”所隐(yǐn)藏(cáng)的“人类(lèi)补完(wán)计划(huà)”似乎(hū)也(yě)开(kāi)始(shǐ)了行(háng)动。掌(zhǎng)握一切答案的碇元渡，却只(zhǐ)是不动生色(sè)地观察(chá)，仿佛(fú)一切早已写入剧(jù)本。